UTAUを使ったカバー曲のざっくりとした作り方的なものです。
最初の準備さえ終われば説明いらないぐらい簡単です。でもとりあえずまとめてみました。ほんとにざっくりなので詳しい操作方法はググってみてください。
好きな音源のカバーが聞きたいなぁと思って、探しても無ければ自給自足です。あちこちからソフトを探してこれば全部無料で始められる素敵な時代です。

その1
必要なものを集めます。
・UTAU…まずはこれ。
・DAW…オケと歌を合わせるために必要です。「DAW　フリー」で検索するとけっこう出てきます。個人的にオケと合わせるならREAPERが使いやすいです。バージョン0.999までは無料で使えます。
・VSTプラグイン…DAWから呼び出して使います。歌のほうに加工が必要なことが多いので、そのために使います。後で解説します。
・Sound Engine free…歌のほうをちょこちょこっと加工したり。あれば便利。
・原曲とそのオケ…ボカロ曲ならピアプロにあることが多いです。それ以外だったら、オケを耳コピするか適当につけるかします。原曲はタイミング合わせに必要です。
・MIDIシーケンサー…メロディやオケを耳コピするときに。自分はDAWだけどMusic Studio Producerを使ってます。初期設定がちょっと面倒ですが、コピペがしやすかったり全体が見やすかったりと、自分的には好きです。
とりあえずこんなもんです。ソフトやその使い方はでググってみてください。自分もあやふやなので。

その２
オケ作ったりメロディーを耳コピします。オケがあったりUSTやVSQ(楽譜的なもの)があればおｋ。メロディを耳コピした場合、SMFで書き出しておいてください。
その３
UTAUにメロディパートを読み込みます。
USTの場合、普通に開くでおｋです。メロディを耳コピしたMIDIの場合、インポートで、ファイルの種類をSWFにします。VSQなら、ファイルの種類をVSQにします。
その前に、右上のほうにあるMODE2というボタンをとりあえず押しときます。音符のデフォルトのなかのピッチコントロールで、ポルタメントとビブラートのチェックボックスにチェックを入れます。これをしておくと勝手にピッチが滑らかにつながり、ビブラートもかってにつくので楽です。MODE1の場合、おま☆かせか手動でピッチをつなぎます。
このへんで音源をプロジェクト→プロジェクトのプロパティから選んでおきます。
その４
歌詞を入力します。USTの場合はそのままでも大丈夫ですが、MIDIを読み込んだ場合、ぜんぶ「あ」になっているので、歌詞を入力したいところを選択してLyricのところその部分の歌詞をひらがなで歌うときの発音で入力します。たとえば、行こう→いこお　道は→みちわ　など。入力したら、歌詞を置換するボタンを押して歌詞を入れます。ありがたいことに詳しいwikiとかマニュアルがあるので、よく分からないことがあれば見ると良いと思います。
その５
調声します。USTの場合、まずは下準備として、全て選択してから、どの音でも良いので、複数選択のプロパティを出します。そこに先行発声とオーバーラップの項目があるので、クリアを押します。これをしないと、発音のタイミングが不思議なことになるので。
調声は、MODE2を使っている場合は全て選択した状態で組み込みツールの中の母音結合を選び、とりあえずそのままでOKを押せば基本調声は終わりです。MODE1を使っている場合は、組み込みツールのなかのおま☆かせで好みの設定をし、「全部」を押します。
これでまあ聞けるというレベルまでにはなる…と思います。
この辺でファイル→保存で保存します。
その６
wavファイルを生成します。保存場所は適当に分かるところへ。
その７
ここでREAPERの登場。というかREAPERで解説します。情けないことにそれしか使えないので。
さっきwavを保存したフォルダを出し、ドラッグ＆ドロップでREAPERへ放り込みます。オケと原曲も放り込みます。放り込んだものはアイテムと呼ぶ…だったっけ。そうしたら原曲を聞きながら歌とオケを合わせます。アイテムはドラッグで動かせます。
その８
おもに歌にエフェクトをかけます。VSTプラグインの登場です。使う前にオプションのなかの設定でFX Plug-insでVSTプラグインの入っているフォルダを追加しとかないとプラグインが使えません。FXというボタンを押すと選ぶ窓が出てくるのでとりあえずリバーブかけときましょう。これがおすすめ→■■■オケとなじみやすいです。Vocals6が個人的にいい感じ。ただし自分の貧弱な環境だとひとつのトラックにしか使えません。二つ以上になると落ちます。一応注意を。
最初はこんなもんで。
オケとの音量バランスを聞きながら調節します。原曲も聞きながらやると良いと思います。
その９
レンダリングします。設定は特にいじらず。wavを保存する場所と名前は分かりやすくしておきましょう。うっかり不思議な場所に保存したり妙な名前にするとあとで探しにくいです。
その１０
最初のほうに変な音が入っていることもあるのでSound Engine Freeで切り落とします。適当にmp3に変換して完成です。あとは動画をつけるなりしてニコ動にうｐするもよし、mp3プレーヤーに入れるもよしです。